如何查询NCBI里基因信息的所有历史版本

发布网友发布时间：2023-01-15 10:56

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热心网友时间：2023-12-03 15:43

在NCBI里查询某个基因的信息时，我们经常能看到这样的注释：

网站会告诉你关于这个基因的信息最近的更新时间。那么我就在想，那之前的记录还可以查看吗？如果有的话，应该去哪儿查询呢？

这项技能非常的easy，NCBI官方有一个网页就是介绍如何查询sequence revision history:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sequencerevisionhistory/

现在举个例子：
比如上面截图里显示的基因，首先我们先要找到它的Accesion ID。点击页面右侧的RefSeq：

这时会自动跳转到该基因所有已知的isoforms，比如这个基因，就有3个isoforms（见下图），选择你想要查看的isoform，这里我就用第一个作为例子。实际上这个NM和NP开头的数字就分别是核酸和蛋白的ACCESSION，但这里要注意的是，你要使用小数点前面的内容来进行查找。比如这里，如果你想查看该基因核酸序列所有历史版本，你需要的ACCESSION ID是NM_001252313：

重点来了，现在复制这个网址（如果你要查询其他基因，把链接里的问号前ACCESSION ID改一下就行）：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001252313?report=girevhist

这时页面出现：

这是该基因自从被NCBI收录以来所有的更新记录，可以看到最近的一次更新是今年的6月22日。你可以任意查看以往的记录。对于这个基因来说，一共有几十次更新记录。在页面的最下方，还会告诉你这个基因第一次被收录的时间（哇塞好巧，这日期恰好是我生日）：

在这个页面里，你可以任选两个版本进行比较，比如这里我想比较最新的和3月16日更新的版本的差别，这里你可以选择比较FASTA或者选择blast，FASTA比较就是只告诉你基因序列有没有区别，但是不会显示细节：

如果你选择BLAST，再点击Compare，小窗口中会出现该两个版本里基因序列的blast比较结果：

另外如果你随便点击一个早期的历史版本，其中会告诉你这个版本的信息是什么时候更新的，并且会提示你这个记录已经有更新，还有最新版本的链接：