GWAS -4 VCF格式文件转为Plink文件

发布网友发布时间：2022-12-21 03:45

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热心网友时间：2023-10-03 05:05

参考： https://cloud.tencent.com/developer/article/1556166

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式

plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式

两个版本用到的命令不一样

对于plink1.9版本，转化为vcf文件的命令行为：

生成的vcf为4.2版本

对于plink2.0版本，转化为vcf文件的命令行为：

生成的vcf为4.3版本

参考： https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/8574237.html

链接： https://www.jianshu.com/p/8b4e7b3b7f5e

vcf 转为 ped/map

vcftools --vcf snp.vcf --plink --out snp

plink --vcf snp.vcf --recode --out snp
ped和map文件是Plink的基本格式。

ped文件包含以下几列：

第一列：Family ID。

第二列：Indivial ID。自然群体这列和Family ID是一样的。

第三列：Paternal ID。未提供信息的话这列为0。

第四列：Maternal ID。未提供信息的话这列为0。

第五列：Sex。未提供信息的话这列为0。

第六列：Phenotype。一般来说，直接拿vcf转换的话这列为-9，也就是缺失。

第七列开始就是个体在每个标记位点的基因型。

map文件包含以下几列：

第一列：染色体编号。

第二列：SNP编号。

第三列：遗传距离。未提供信息的话这列为0。

第四列：物理位置。

ped/map 与 tped/tfam 格式互换

plink --file snp --recode --transpose --out snp_test

plink --tfile snp_test --recode --out snp
ped/map 与 bed/bim/fam互换

plink --file snp --make-bed --out snp_test

plink --bfile snp_test --recode --out snp
tped/tfam 与 bed/bim/fam互换

plink --tfile snp --make-bed --out snp_test

plink --bfile snp_test --recode --transpose --out snp
bed/bim/fam 转为 vcf

plink --bfile snp --export vcf --out snp_test
常用的Plink格式转换就是这些，大家可以根据自己实际需要相互转换。

因为PLINK默认的设置是人的染色体，所以动物中，我们应该设置
--chr-set 19 # 猪
已有的选择：
--cow
--dog
--horse
--mouse
--rice
--sheep
参考： https://zhuanlan.hu.com/p/109071456