了解GRO-seq
发布网友
发布时间：2023-01-07 06:00
共1个回答
热心网友
时间：2023-10-19 18:51
GRO-seq是RNA-seq的衍生品，旨在通过直接检测新生RNA产物来衡量转录本的表达量。其思路如下：
从而获取全基因范围内的参与转录的RNA聚合酶的位置、数量和定位，即所有参与DNA聚合酶位置和定向的高分辨率虚拟图谱。
该技术首发于《Nascent RNA Sequencing Reveals Widespread Pausing and Divergent Initiation at Human Promoters》
google学术显示引用量： 1533
材料：人肺成纤维细胞（IMR90），每个样本2个生物学重复
结果：
（1） 大片段的转录激活与抑制展示
激活和抑制区域是明显区分的（红、蓝比对reads），同时绘制Pol II ChIP信号可以侧面验证Pol II的活性。
（2） TSS侧翼reads比对模式
TSS作为的转录起始位点，其地位非常具有特殊性，呈现一个很窄的峰，reads在正、负链堆积的模式是相反的，其方向与转录方向是一致的。
而在基因3`末端的模式却又不同，一个非常看宽广的峰中包含了很窄的峰（正式poly-A剪切的位置），同时聚合酶又在3`短延伸了相当多的长度。
（3） 近端启动子转录与基因活性的关系
近端启动子reads密度与基因表达的关系
ChIP图谱与GRO-seq信号的关系（H3ac and H3K4me2）
AS: antisense
分析GRO-seq数据 ？
目前有现成的工具、方法、软件
请参考Homer软件：
http://homer.ucsd.e/homer/ngs/groseq/groseq.html
该页面已经写的很详细了，具体分析下期再聊，请自行参考。
参考文献：
1. Nascent RNA sequencing reveals widespread pausing and divergent initiation at human promoters. Science 2008.
2. A Rapid, Extensive, and Transient Transcriptional Response to Estrogen Signaling in Breast Cancer Cells. Cell 2011.
