影响最终基因组DNA纯度的因素主要有哪些?

发布网友发布时间：2022-10-11 16:00

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热心网友时间：2023-10-13 19:02

这个要看是用试剂盒提还是手提。
试剂盒提取的话就很方便很好操作，试剂、吸附柱什么都是商品级的，问题都不大，主要是看你培养的菌质量如何，如果培养菌是挑取的是假阳性或者是培养基抗性出问题，就会因为质粒没有或者量过少而检测不出来，其次的话就是Buffer要加的是无水乙醇，不能加错，其他操作按说明书就没有问题。
手提的话需要质粒提取因素就很多了，这里有总结的很好的你可以看一下：
1、手提中主要是试剂对质粒DNA提取的影响较大，其中溶液Ⅰ，加入的葡萄糖可以使悬浮后的大肠杆菌不会快速沉积到管子底部。EDTA是Ca2+和Mg2+等二价金属离子的螯合剂，可以抑制DNase的活性和微生物生长。此步骤菌体一定要悬浮均匀，不能有结块，否则会降低抽提得率。
2、溶液II中，NaOH是最佳的溶解细胞的试剂，不管是大肠杆菌还是哺乳动物细胞，碰到了碱后几乎在瞬间就会溶解，这是由于细胞膜发生了从bilaye（双层膜）结构向micelle（微囊）结构的相变化所导致。SDS也呈碱性，但如果只用SDS，达不到彻底溶解细胞的作用，加入SDS主要为下一步做铺垫。这一步操作要注意两点：第一，时间不能过长，因为在这样的碱性条件下基因组DN*断会慢慢断裂；第二，必须温柔混合，不然基因组DNA也会断裂。
3、对于溶液Ⅲ，SDS在高盐浓度下发生沉淀，同时SDS能与蛋白质结合，平均两个氨基酸上结合一个SDS分子，所以沉淀也将溶液中的大部分蛋白质沉淀下来。溶液中的K+置换了SDS中的Na+而形成了不溶性的PDS，高浓度的盐使沉淀更完全。同时，由于基因组DNA很长，容易被PDS共沉淀。2M的醋酸可以中和NaOH，因为长时间的碱性条件会打断DNA。基因组DNA一旦发生断裂，小于100kb的片断，就不容易与PDS共沉淀。所以碱处理的时间要短，而且不得激烈振荡，否则最后得到的质粒上会有大量的基因组DNA污染。这一步操作混合均匀后在冰上放置，可以使PDS沉淀更充分。