plink各种格式转换及简单命令

发布网友发布时间：2022-10-09 10:19

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热心网友时间：2023-11-24 02:43

1，一般格式：PED/MAP
2，转置格式：TPED/TFAM
3，二进制格式：BED/BIM/FAM
几种格式之间可以相互转换。推荐使用BED/BIM/FAM这种格式，读取速度快。
bed文件包含SNP数据，是二进制格式，不能由Notepad++等文本编辑器打开。
bim文件包括SNP位置信息。
fam文件包括家系表型信息，这两种文件都是文本格式。

其他格式转换命令： --recodeAD ，SNP编码成加性显性模式，以0、1、2编码SNP，NA为缺失值； --recode12 ，SNP编码为数字1或2，缺失值为0.
参考推文：
https://www.cnblogs.com/leezx/p/9013615.html
http://zhangyy.site/notes/2015/04/04/GWAS2file.html
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plink --bfile filename --a1-allele file.bim 6 --make-bed --out newfilename a1 a2在bim文件中替换位置。
参考： https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/data#ax_allele