2021-03-15 DepMap数据库

发布网友发布时间：2022-11-26 08:07

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热心网友时间：2023-10-11 04:52

偶然发现了这个神奇的网站（https://depmap.org/portal/），对于实验狗的我而言，想想以前走的各种弯路，顿感相见恨晚啊！废话少叙，直接来看看这个DepMap到底有何神奇之处。

1.查询基因在各种细胞的中的必要性（Perturbation effects），换而言之，在这个细胞中去除这个基因是否影响细胞生存，再进一步在这个细胞中敲除或者敲低该基因是否会影响细胞活力（这就是预先知道了基因对细胞增殖表型的影响了）。

DepMap的这部分结果是通过分析来源与796个CRISPR screen和710个RNAi screen数据集，基于这样的结果，我们不仅能够快速知晓一个基因对细胞增殖的潜在功能，也能便于我选择合适的细胞系进行实验。例如图1所示，MYC在各种细胞中的Gene Effects值小于0（甚至-1），即表示敲除或敲低MYC会抑制细胞增殖，这与MYC本身的功能吻合。

2. 查询基因在各种细胞中的表达水平，突变情况等等（Characterization）

MYC在各种细胞中的表达水平和突变情况一目了然，就不用买齐各种细胞，各种检测再决定选择哪种细胞进行实验了。