引物的TM值如何计算
发布网友
发布时间：2022-04-28 21:35
共3个回答
热心网友
时间：2023-09-16 19:17
Tm(解链温度)是指50%双链被解开成单链时的温度。寡核苷酸浓度和盐浓度会影响Tm值的大小。
Tm 值 有 多 种 计 算 方 法 。我 们 使 用 近 邻 法 ( P N A S 8 3 ,3 7 4 6- 5 0 )来计算。用这种方法计算前，也有多种方法来估测。如果是15个碱基以下，那么有一种好的方法来估算，对于A和T，可以乘以2癈，对于C和G，可以乘以4癈然后相加，这叫做Wallace法则。
Tm= 2℃ (A + T) + 4℃ (G + C)
另一种方法来估计长链中GC含量
Tm = 81.5 + 0.41(%GC) - 500/L + 16.6 log[M]
(L:寡核苷酸的长度；M:1价阳离子的浓度)
但这些方法不能消除碱基堆积的影响，结果并不准确，所以近邻法被广泛的应用。但是，对于在60-70 bp或15bp以下的寡核苷酸的测定，近邻法还是有缺点。
Bioneer使用的近邻法具有新的特点。它考虑到在退火过程中不同的碱基序列的影响，并且通过热力学来测定，可以更有效的测定Tm值。比如5' -GC-3' 和5' -CG-3'的序列用热力学方法测定结果是不同的。计算方法见截图：
依靠热力学方法，焓和熵通过两个碱基来确定。[salt]是指一价阳离子的浓度，[Oligo]是指反应过程中的寡核苷酸浓度。R是指气体常数(1.987 cal•K-1mol-1)。Bioneer用近邻法计算Tm值时，使用的是50 mM的盐浓度和1 nM的寡核苷酸的浓度。
Bioneer会给每一个用户提供Tm值，但这只是估计值，我们不能保证精确性，因此这个值仅供用户参考。
如果没有扩增出产物，你可以把退火温度降到Tm值以下4～5癈。如果有许多非特异性的产物，你需要改变实验条件如提高退火温度以得到正确的产物。
热心网友
时间：2023-09-16 19:17
核酸Tm值（解链温度）计算
评价标准是核酸所吸收的光线量达到其所增加吸收260nm光线的量的两倍达到的温度，
当核酸达到Tm值时，其260nm吸收量可增加百分之四十（紫外吸收量随解体程度而增加，直至完全解体。
长度为25mer以下的引物，Tm计算公式为：Tm = 4℃(G + C)+ 2℃(A + T)
对于更长的寡聚核苷酸，Tm计算公式为：
Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+] + 0.41 (%GC) – 600/size
公式中，Size = 引物长度。
热心网友
时间：2023-09-16 19:18
长度为25mer以下的引物，Tm计算公式为：Tm = 4℃(G + C)+ 2℃(A + T)
对于更长的寡聚核苷酸，Tm计算公式为：
Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+] + 0.41 (%GC) – 600/size
公式中，Size = 引物长度。
