1. 教育资源分配不均：强基计划主要关注发展一流高校和一流学科，导致资源向少数高校和学科倾斜，加剧了教育资源的不平衡。这使得大部分中小学和普通高校面临资源匮乏，难以提供高质量的教育，扩大了教育机会的差距。
2. 教育评价过于功利：强基计划过于注重高考成绩和科研成果等硬性指标，忽视了培养学生的综合素质和创造力。这种评价方式导致学校过度注重应试教育，培养出一批缺乏创新精神和实际能力的学生，限制了学生的个性发展和创造性思维。
3. 教育体制改革不彻底：强基计划在教育体制改革方面存在不彻底的问题。虽然计划提出了一些改革措施，如优化课程设置和加强师资培训，但未能从根本上解决体制内部的问题，如过度注重知识灌输、缺乏教育公平和教育管理不规范等。这限制了计划的长期效果和可持续发展。
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