然而，由于种种原因，原子钟的时间也不是绝对准确的，它们也需要校准。在国际上，国际原子时标准由超过二十个原子钟计时实验室共同维护。这些实验室会定期比对各自的原子钟，以确保它们的时间保持同步和准确。如果有任何偏差，它们会对国际原子时做出微调。
在实际应用中，原子钟的时间校准也非常重要。例如，GPS全球定位系统就依赖于原子钟的高精度计时来确定位置。如果GPS系统中的原子钟与国际原子时存在微小的差异，就会导致位置计算的误差，甚至可能使导航系统失效。因此，GPS系统中的原子钟也需要经常校准。
