如果因为特殊情况需要进行调休,公司应该提前与员工协商,并且在安排调休时应该遵循《劳动法》和《劳动合同法》的规定,尊重员工的合法权益。在调休安排中,应该注重公平、合理、透明原则,避免出现不当的安排和不合理的处置。