行政案件的案由分为：作为类案件、不作为类案件、行政赔偿类案件
在立案审查阶段，可以根据当事人的起诉确定初步案由。在审理阶段，如果发现初步确定的案由不准确时，应当根据审理后确定的法律关系性质来确定结案案由。因此，本规定既适用于审查起诉阶段，也适用于审理阶段，但法律文书和卷宗封面等均应以结案案由为准。
一、相关知识
(一)作为类案件案由的构成要素和确定方法
确定作为类案件案由的基本方法是划分案件的类别，以行政管理范围为“类”，以具体行政行为种类为“别”进行构造。案由的结构应当具备以下两个要素：
1、行政管理范围。行政管理范围是指行政主体代表国家管理行政事务的领域。以行政管理范围作为行政案件案由的第一个要素，将行政案件初步分为“公安”、“工商”、“税务”等行政纠纷，从类上区别开来。
一般情况下，以行政管理范围作为案由的第一构成要素，分类后无需再作分解，如海关、计划生育、税务等，直接以“海关”、“计划生育”、“税务”作为案由第一构成要素；对个别行政管理范围比较宽泛的领域，如公安行政管理，可细分为治安管理、消防管理等，可以细化、分解后的具体管理范围，将“治安”、“消防”等作为第一构成要素用语。是否分解，应当结合案件实际，以表述简洁、清楚为原则。
2、具体行政行为种类。以具体行政行为的种类或性质，如“行政处罚”、“行政许可”、“行政确认”等，作为案由的第二个构成要素。具体行政行为的表现形式，如行政处罚中的罚款、拘留等，不以构成要素出现，而均以“行政处罚”代之。
综合上述两个要素，行政作为类案件案由的结构为：管理范围具体行政行为种类。以诉公安机关所作的行政拘留处罚为例，案由应确定为：“治安行政处罚”。“治安”为公安行政管理范围之下具体的治安管理；“行政处罚”则是具体行政行为的种类，不用具体的处罚形式“拘留”进行表述。以海关作出没收走私物品的行为为例，其案由应确定为“海关行政处罚”。海关管理范围相对窄一些，无需再作分解，可直接以“海关”作为第一构成要素。
(二)不作为类案件案由的构成要素和确定方法
不作为类案件的案由，原则上仍适用上述作为类案件的两种构成要素的结构，但又要体现此类案件的特色，其确定方法是：以“诉”作为此类案件案由的第一个构成要素；以行政主体的类别作为第二个构成要素，如“工商行政管理机关”、“海关”等；以不履行特定行政职责或义务作为第三个构成要素。以公安机关不履行保护人身权法定职责案为例，案由确定为“诉公安机关不履行保护人身权法定职责”。“履行……法定职责”中要求履行的是何种职责，应当根据案件的具体情况确定，如可以具体区分为“诉XX(行政主体)不履行保护人身权(财产权)法定职责”、“诉XX(行政主体)不履行行政合同义务”、“诉XX(房屋管理机关等)不履行登记法定职责”等等。
(三)行政赔偿类案件案由的构成要素和确定方法
行政赔偿类案件分为两种情况，即一并提起行政赔偿和单独提起行政赔偿。对于一并提起的行政赔偿案件，在被诉具体行政行为案件案由后加“及行政赔偿”一语即可。如“工商行政登记及行政赔偿”；“诉公安机关不履行保护人身权法定职责及行政赔偿”等。对于单独提起行政赔偿的案件，案由的确定方法为：行政管理范围行政赔偿。以税务工作人员在执法中致人伤亡单独提起行政赔偿之诉为例，如“税务行政赔偿”等。

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