土地变更需要经过国土部门。
土地变到当地的国土局去办理变更手续。首先土地方向规划部门提出变更申请，规划审批—国土部门征询意见—规划管理委员会审核—国土部门费用核定—规划同意变更，与国土部门签订变更合同—规划设计条件变更，变更土地使用性质必须报批。
土地性质变更流程：
1、改变土地用途的单位提出申请，填写用地申请表；
2、对申请人提供的材料进行初审，决定是否受理；
3、组织进行地界、权属调查；
4、对改变用途的土地使用权委托进行地价评估；
5、拟定变更的土地使用权出让方案，核算应补交的土地出让金，有关税费；
6、会审、拟文上报、逐级上报有批准权的人民政府批准。
综上所述，土地变更需要经过的部门有县级以上人民政府的土地行政主管部门，国土资源局与规划局，以及人民政府。
【法律依据】：
《中华人民共和国土地管理法》第二十六条
国家建立土地调查制度。
县级以上人民政府自然资源主管部门会同同级有关部门进行土地调查。土地所有者或者使用者应当配合调查，并提供有关资料。
第二十七条
县级以上人民政府自然资源主管部门会同同级有关部门根据土地调查成果、规划土地用途和国家制定的统一标准，评定土地等级。
第二十八条
国家建立土地统计制度。
县级以上人民政府统计机构和自然资源主管部门依法进行土地统计调查，定期发布土地统计资料。土地所有者或者使用者应当提供有关资料，不得拒报、迟报，不得提供不真实、不完整的资料。
统计机构和自然资源主管部门共同发布的土地面积统计资料是各级人民政府编制土地利用总体规划的依据。
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