起付线（Deductible）也称免赔额（俗称门槛费），是合作医疗基金对参合农民进行补偿的补偿费计算起点。起付线以下的医疗费用由参合农民自己支付。一个医疗年度内首次住院，起付线原则上控制在当地职工年平均工资的5%-10%左右。起付线与医院级别和住院次数密切相关，医院级别越高，起付线越高，医院级别越低，起付线越低，在同一个医疗年度内，起付线随着住院次数增加而降低，一般而言，同一个医疗年度内，第四次住院就不再收取起付线。根据不同地市的政策，慢性病也可能会有起付线，城镇居民的普通门诊也可能存在起付线。
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