外观差异，所属科目不同，生活习性不同，分布范围不同，栖息环境不同。
1、外观差异。黄牛和水牛在外观上有明显的区别，黄牛体型较小，角短，皮毛黄褐色，也有杂色，毛短，中躯较长、四肢短；水牛体型较大，体格粗壮，被毛稀疏，多为灰黑色；皮厚、汗腺极不发达，热时需要浸水散热。
2、所属科目不同。黄牛是偶蹄目牛科牛属动物，水牛则是偶蹄目牛科水牛属动物。
3、生活习性不同。黄牛适应能力强，耐粗饲，放牧性能好，在炎热季节不惧日光照射，不怕酷热。水牛对热更敏感，因为它们的汗腺较少，他们更喜欢在泥中打滚，经常在早晨和晚上吃草。
4、分布范围不同。黄牛主要分布在中国境内；水牛则主要分布在中国、不丹、柬埔寨、印度、缅甸、尼泊尔、泰国、越南、孟加拉、印尼、老挝和斯里兰卡等国家。
5、栖息环境不同。黄牛主要生活在草原、高山等地势宽阔的地方；水牛主要生活在湖泊、水库、溪流等水边泥泞的地方。
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