夫妻住房贷款专项附加扣除有两种扣除方式：由一方100%扣除或由双方各扣50%。
1、根据查询中国政府网的《个税专项附加扣除问答之住房贷款利息篇》一文得知：如果夫妻双方在婚前都没有贷款买房，则婚后贷款买的首套房屋属于两人的共同资产，双方都可以享受240个月的房贷利息支出抵扣个税，在每年的12月对下一年的住房贷款利息进行申报，有两种扣除比例可选。由一方100%扣除：也就是全部由配偶一方申报按100%比例扣除，即先判断“夫妻双方婚前分别购买住房发生的首套住房贷款”选择是，再选择是否与配额分别扣除50%，点击“否”确定。像这种情况如果双方都达到了纳税门槛，建议选择收入高的一方进行扣除；另一方则可以申报其他的专项附加扣除项目，包括子女教育、3岁以下婴幼儿照护、赡养老人、住房租金、继续教育、大病医疗等，只要又符合要求的项目也能抵扣个税。由双方各扣50%：也就是夫妻双方都申报住房贷款利息抵扣个税，先判断“夫妻双方婚前分别购买住房发生的首套住房贷款”选择“是”，再选择是否与配额分别扣除50%，点击“是”确定。申报成功后，会按每个月的1000元定额标准，分别由双方各抵扣500的个税。
2、住房贷款利息专项附加扣除办法中所称的首套住房贷款是指购买住房享受首套住房贷款利率的住房贷款。纳税人只能享受一次首套住房贷款的利息扣除。实际操作中，纳税人可咨询所贷款的银行。纳税人首套住房贷款情况，由住房所在地金融监管部门负责判定。由于房地产市场区域差异明显，调控政府往往因城施策，不同城市对首套房的认定标准不同，实施了差别化的住房信贷政策。具体在实务上，有的认个人或家庭的首套住房，有的认个人或家庭的首次住房贷款，有的以前贷款还清了，再贷还算首套。如纳税人此前未享受过住房贷款利息扣除，那么其按照首套住房贷款利率贷款购买的第二套住房，可以享受住房贷款利息扣除。
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