1、权限范围不一样：自然资源厅主要处理自然资源事项，国土资源厅主要处理国土资源事项。
2、职能不同：自然资源厅的职能范围比较广泛，国土资源厅比较狭窄。
3、单位不同：前者是由某些职能组成的政府组成部门，后者是整合发改委、林业局、农业局、水利局、住建局、地理测绘等部门组成。
4、自然资源局是负责国家自然资源管理和保护的政府部门，其主要职责包括但不限于土地资源、矿产资源、水资源、森林资源、草原资源等的调查、规划、开发、利用、保护和修复，自然资源局的工作关系到国家的可持续发展、生态保护和生态文明建设。
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