法律分析：处理工程用地纠纷：
1、当事人协商解决。工程用地纠纷发生后，当事人应当本着协商一致、化解矛盾的原则，先协商解决问题。
2、协商不成的，由人民政府处理。只有协商不成，政府才会处理。县级以上人民政府应当处理政府处理的纠纷。乡级人民政府或者县级以上人民政府应当处理个人与单位之间的争议。
3、当事人对政府的处理决定不服的，可以向人民法院起诉。这是处理此类纠纷的最终法律救济渠道，也是法治社会的体现。人民政府处理土地所有权纠纷是诉讼的前提。
法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》
第三十七条 在城市、镇规划区内以划拨方式提供国有土地使用权的建设项目，经有关部门批准、核准、备案后，建设单位应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门提出建设用地规划许可申请，由城市、县人民政府城乡规划主管部门依据控制性详细规划核定建设用地的位置、面积、允许建设的范围，核发建设用地规划许可证。
建设单位在取得建设用地规划许可证后，方可向县级以上地方人民政府土地主管部门申请用地，经县级以上人民政府审批后，由土地主管部门划拨土地。
第三十八条 在城市、镇规划区内以出让方式提供国有土地使用权的，在国有土地使用权出让前，城市、县人民政府城乡规划主管部门应当依据控制性详细规划，提出出让地块的位置、使用性质、开发强度等规划条件，作为国有土地使用权出让合同的组成部分。未确定规划条件的地块，不得出让国有土地使用权。
以出让方式取得国有土地使用权的建设项目，建设单位在取得建设项目的批准、核准、备案文件和签订国有土地使用权出让合同后，向城市、县人民政府城乡规划主管部门领取建设用地规划许可证。
城市、县人民政府城乡规划主管部门不得在建设用地规划许可证中，擅自改变作为国有土地使用权出让合同组成部分的规划条件。
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