公司注销时，实收资本归还股东后，注册资本按投资比例退给股东不交所得税，但是在通过清算后，股东出资部分连同清算收益，按照比例退回股东，扣除出资部分，获得的收益部分要缴纳个人所得税。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理暂行条例》 第六条 凡从事生产、经营，实行独立经济核算，并经工商行政管理部门批准开业的纳税人，应当自领取营业执照之日起三十日内，向当地税务机关申报办理税务登记。其他有纳税义务的单位和个人，除按照税务机关规定不需办理税务登记者外，应当在按照税收法规的规定成为法定纳税人之日起三十日内，向当地税务机关申报办理税务登记。
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