被告公司一般不可以注销。由于被告公司在进行诉讼时，权利义务关系尚未明确，公司的清算组也不能准确的确定公司的资产和债权债务情况，所以要等诉讼结束后，公司经依法清算，才能申请办理注销登记。
《公司法》第一百八十八条公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。《公司登记管理条例》第四十一条公司解散，依法应当清算的，清算组应当自成立之日起10日内将清算组成员、清算组负责人名单向公司登记机关备案。
