夫妻不和起诉离婚的，两个孩子的分配法院会根据具体情况进行判决。如果孩子在两周岁以下，考虑还在幼儿期，一般法院会判决由女方直接抚养。但是女方有无法抚养或者不利于孩子成长情形的除外。如果孩子在两周岁以上，法院会以更有利于孩子成长为原则进行判决。在有利于孩子的前提下，双方还可以协商轮流抚养或者共同抚养。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》
第一千零八十四条 父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
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