（一）本罪与走私、贩卖、运输、制造毒品罪及窝藏毒品罪的界限行为人实施走私、贩卖、运输、制造、窝藏毒品的行为都是以非法持有为前提的。在司法实践中，有证据能够证实已构成走私、贩卖、运输、制造、窝藏毒品罪中的任何一种罪，即以该罪论处，而不应再定非法持有毒品罪。在犯罪分子拒不供认，又无证据认定构成走私、贩卖、运输、制造、窝藏毒品罪中任何一种罪的情况下，才能认定其构成非法持有毒品罪。另外，还须注意的是，构成非法持有毒品罪有法定的数量标准，达不到法定标准的只能按违法处理。然而构成走私、贩卖、运输、制造、窝藏毒品罪只要有行为即构成犯罪，无需毒品数量达到较大。
（二）本罪与盗窃、抢夺、抢劫罪的界限行为人在实施盗窃、抢夺、抢劫他人财物时附带获取毒品的，如果在来不及清理赃物或不知犯罪所得中有毒品的，应按盗窃罪或抢夺罪或抢劫罪定罪处罚；如果明知获取的赃物中有毒品而非法持有的，应按盗窃罪或抢夺罪或抢劫罪和非法持有毒品罪实行数罪并罚。如果事先明知他人有毒品，而实施盗窃、抢夺、抢劫行为得手后又非法持有的，应以非法持有毒品罪认定。总之，根据其法律特征划清一罪与数罪的界限。
（三）从犯罪嫌疑人身上搜出的毒品属于运输毒品还是非法持有毒品刑法中运输毒品行为是与走私、贩卖、制造毒品行为排列规定在一起，供选择适用的罪名，其社会危害性也应当与其他三种行为的危害性相当，因此处罚才能一致。只有当运输毒品成为走私、贩卖、制造毒品一个必不可少的中间环节时，也就是说缺少运输毒品就无法实施走私、贩卖、制造毒品时，运输毒品才具有与走私、贩卖、制造毒品相当的危害性，才可以同罚。而出于其它目的运输毒品时，比如出于吸食、窝藏目的而移动毒品，其行为的社会危害性显然要低于走私、贩卖、制造毒品的危害性，不能认定运输毒品罪。如果将运输的范围任意扩大，就会出现将无罪变为有罪、轻罪变成重罪的现象。勿将动态持有毒品等同于运输毒品。
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