公司合并协议是指合并双方就合并条件及合并程序达成的合意。合并协议是公司合并的基础和依据，在公司合并中具有至关重要的作用。
我国公司法规定，公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。
合并协议的主要条款应当包括：
1、合并各方当事人。
合同当事人既包括合同的主体――订立合并协议、参加公司合并的各方公司，还包括合并后存续的公司或新设的公司。合并协议中要写明这些公司的名称及住所等。
2、合并的方式。
合同中合并的方式，应当是按法律形态进行的具有法律意义的分类形式，即吸收合并或新设合并。
3、合并的对价。
合并对价即合并中存续公司或新设公司为取得消失公司财产而支付的对价。合并对价的基本形式有两种――股票和现金形式。
4、合并各方的资产、债权债务状况。
合并各方的资产、债权债务状况是决定合并价格的基本要素，对合并价格的科学确定，对合并是否成功具有重要意义。因此，合同中应对此做出明确的记载。
5、职工安置办法。
由于合并中存续公司的职工利益受到合并影响的程度要小得多，所以职工安置办法条款只适用因合并而消失的公司。
一、企业合并的程序是怎样的
1、签订《公司合并协议》
2、A、B公司均召开股东会决议
依据《公司法》第38条第九款规定，股东大会对公司合并、分立、解散、清算或者变更公司形式作出决议。
3、公告债权人
依据《公司法》174条规定，公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
4、合并账务
依据公司法第174条，B公司编制资产负债表和财产清单，并聘请会计师事务所审计。依据《公司法》175条及其他税务法规，将A、B两公司账务合并，为简化税务处理，以B公司原资产、负债的审定数作为入账价值。A公司合并B公司账务后，由会计师事务所进行审计，并出具《验资报告》。
5、A公司向工商部门办理变更登记；B公司向工商部门办理注销登记。
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