用人单位与劳动者签订工伤赔偿协议的，并不影响劳动者申请工伤认定，劳动者应该在受伤一年内向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。《中华人民共和国工伤保险条例》第十七条职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。按照本条第一款规定应当由省级社会保险行政部门进行工伤认定的事项，根据属地原则由用人单位所在地的设区的市级社会保险行政部门办理。用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。签订工伤赔偿协议注意事项
一、赔偿项目是否明确工伤赔偿的项目繁杂，所以在赔偿协议中对一次性伤残赔偿补助金、一次性劳动就业补助金、一次性工伤医疗补助金、劳动年限的补偿金、医疗费、护理费等等赔偿项目都要认真核实，约定清楚，都须逐一写清，若表达不清楚，可能导致赔偿错漏。另外，对于工伤赔偿的数额也应当明确，看是否依据法律规定的标准来计算，建议最好请公证人员进行核准，这样有利于减少不公平合理的情况发生。
二、意思表达是否明晰在工伤的赔偿协议中要注意用词是否得当，意思表达是否明晰无争议。比如赔偿与补偿，赔偿是基于过错，补偿则不一定。单位有过错，给职工造成损失的情况下，必须采取赔偿。
三、是否应有工伤认定书依据《工伤保险条例》的规定，只有经过工伤认定程序被依法认定为工伤的劳动者才能享受工伤待遇、获得工伤赔偿。因此，公证处在办理工伤赔偿协议公证时应要求当事人提交工伤认定书，因为职工所受伤害只有在被认定为工伤时才可获得工伤待遇，企业才需要承担责任；反之如果职工所受伤害不属于工伤，那么企业就不需要承担责任，也就失去签订工伤赔偿协议的基础。
四、是否需要进行劳动能力鉴定职工的劳动能力鉴定结果将直接影响职工的工伤保险待遇及赔偿标准，故在办理赔偿协议时如果职工的劳动能力受到影响那么就应申请劳动能力鉴定，以确定职工应得的赔偿金额。劳动能力鉴定不同于工伤认定，工伤认定是享受工伤待遇的前提，没有工伤认定就无法享受工伤待遇，而劳动能力鉴定只是在职工伤情影响劳动能力的前提下才需要进行。用人单位与劳动者签订工伤赔偿协议的，并不影响劳动者申请工伤认定，劳动者应该在受伤一年内向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
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