设立协议和公司章程具有一致性和许多相同之处。公司名称、注册资本、经营范围股东构成、出资形式和数额等事项是公司章程和设立协议必须注明的事项。公司章程一般以设立协议为基础，吸收设立协议的基本内容，包括：公司的组织机构、股份转让、增资、减资、合并分立、公司终止的情形等。虽然设立协议和公司章程目标具有一致性，但是，两者的性质和功能不同。
1、设立协议和公司章程的效力期间不同，设立协议是调整公司设立过程中的法律关系和法律行为，设立协议产生在公司成立前，公司的设立阶段，经发起人达成一致签字盖章即具有法律效力。公司章程是以公司成立为前提的，在公司成立后才能生效，对股东具有约束力。
2、设立协议不是公司设立的必要法律文件。而公司章程是公司设立必备的法律文件，任何公司登记成立都必须提交公司章程。只有股份有限公司规定了发起人必须签订发起人协议。《公司法》第八十条“股份有限公司发起人承担公司筹办事务。发起人应当签订发起人协议，明确各自在公司设立过程中的权利和义务。”
3、设立协议是不要式法律文件，根据当事人之间的意思表示形成，其内容更多的体现了当事人的意志和要求，属于契约，需要遵守民法典的一般规则;公司章程是要式法律文件，公司章程必须依据公司法制定，不能违反法律、和行政法规为前提。
4、设立协议和公司章程约束的对象不同，设立协议是全体发起人订立的，调整的是发起人之间的关系，在发起人之间具有法律约束力。公司设立过程中产生的权利和义务，发起人按照发起协议的约定承担。而公司章程调整的是股东之间、公司与股东之间公司与公司的治理机构之间的法律关系，即包括对原始发起人股东有约束力，也对按照公司章程和公司法规定后加入公司的股东具有约束力。
公司章程是法律规定的必备的法律文件，产生在设立协议之后。因此在公司成立后，应当以公司章程作为准则。设立协议和公司章程发生矛盾时以公司章程规定为准，发起协议只对原始的发起人具有约束力。
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