商业秘密被侵犯可向工商行政管理机关申请查处侵权行为，如侵权人侵权行为成立，其应当承担相应的行政责任。企业也可以直接向人民法院起诉，请求损害赔偿。
一、商标侵权处理有哪几种方式
1.当事人协商解决，商标注册人或者利害关系人向法院提起诉讼，或请求相关行政主管部门处理。在我国，工商行政管理部门有权认定侵权行为，并采取执法措施责令停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，并可处以罚款。
2.当事人不服责令其停止侵权的行政处理决定，可依法提起诉讼;侵权人期满不起诉又不履行的，工商行政管理部门可以申请人民法院强制执行。通过行政机关解决侵犯商标权的纠纷在程序上比较简单，且从制止侵权行为的目的来看也是有效的，但是被侵权人不可能通过这种行政查处得到民事赔偿。
3.发生侵权时被侵权人也可以直接向人民法院提起侵权诉讼，诉讼是最终的解决途径。即使经过工商行政管理机关处理的案件，当事人不服的仍可向人民法院起诉，通过司法途径提出各种民事救济请求。
二、商标法侵权怎么处理
对于商标侵权如何处罚这个问题，商标法规定：
1、因侵犯注册商标专用权行为引起纠纷，当事人可协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。
2、对于选择起诉的诉讼的，侵权赔偿额可以按照权利人实际损失确定，也可以按照侵权人所获利益来确定，都难以确定的，可以请求法院根据侵权行为的情形按照法定赔偿标准来确定。
3、对于申请工商行政管理部门处理的，如果认定侵权行为成立，工商行政管理部门会责令侵权人立即停止侵权行为；
没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，违法经营额达五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款。
没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。对五年内实施两次以上商标侵权行为或者有其他严重情节的，应当从重处罚。
4、涉嫌犯罪的，会及时移送司法机关依法处理。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国反不正当竞争法》第十二条经营者利用网络从事生产经营活动，应当遵守本法的各项规定。经营者不得利用技术手段，通过影响用户选择或者其他方式，实施下列妨碍、破坏其他经营者合法提供的网络产品或者服务正常运行的行为：（一）未经其他经营者同意，在其合法提供的网络产品或者服务中，插入链接、强制进行目标跳转；（二）误导、欺骗、强迫用户修改、关闭、卸载其他经营者合法提供的网络产品或者服务；（三）恶意对其他经营者合法提供的网络产品或者服务实施不兼容；（四）其他妨碍、破坏其他经营者合法提供的网络产品或者服务正常运行的行为。
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