综保区和保税区的区别如下：
1、功能定位不同
保税区，是经国务院批准设立的、海关实施特殊监管的经济区域。保税区的功能定位为“保税仓储、出口加工、转口贸易”三大功能。综合保税区是设立在内陆地区的具有保税港区功能的海关特殊监管区域，由海关参照有关规定对综合保税区进行管理，
2、退税政策不同
综合保税区具备“境内关外”身份，符合条件的境内区外的货物进入综合保税区可以享受“入区退税”政策；综合保税区内企业不能认定为一般纳税人，不能使用增值税专用发票。
保税区则只具备境外货物的保税功能,但境内区外货物进入保税区不能享受出口退税政策，而是和内销货物一样处理。保税区内的货物只有在出口到境外时，符合条件的可以办理出口退税。
【本文所涉及的法律依据】：：
《中华人民共和国海关综合保税区管理办法》
第十八条
综合保税区与区外之间进出的货物，区内企业或者区外收发货人应当按照货物进出区时的实际状态依法缴纳关税和进口环节税。
区内企业加工生产的货物出区内销时，区内企业或者区外收发货人可以选择按照其对应进口料件缴纳关税，并补缴关税税款缓税利息；进口环节税应当按照出区时货物实际状态照章缴纳。
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