农村合作医疗报销期限各地规定不一样，一般是规定在当年报销，跨年度的不超过一季度。
跨结算年度2个月，原则上不予结算。
参合农民患病住院，可在全市范围内自由选择定点医疗机构就诊。确因病情需要转到市外医疗机构就诊的，患者本人或其亲属必须在3个工作日内报市合管中心备案，以便核查。转至市外住院的医疗机构必须是公立二级以上医疗机构。
在外务工的参合农民，因病在当地公立医疗机构就诊，由本人或其家属在3个工作日内向市合管中心申请备案，其发生的符合新型农村合作医疗支付范围的住院费用，先由个人垫付，治疗终结后凭当地公立医疗机构提供的出院记录、住院收费清单、收费收据，到市合作医疗经办机构申请办理补偿手续，经审核符合补偿条件的按市外医疗机构报销比例予以补偿。
一、农村合作医疗报销范围
1、在国家、省市县公布的基本医疗目录和基本医疗范围内的可以报销；
2、参加人员在统筹期内因病在定点医院住院诊治所产生的药费、检查费、化验费、手术费、治疗费、护理费等符合城镇职工医疗保险报销范围的部分（即有效医药费用）；
3、新农合一般报销有设立起付标准和最高支付限额，参照当地政府公布的标准执行即可。
二、新型农村合作医疗的报销比例
1、门诊报销
村卫生室及村中心卫生室就诊报销60％，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
镇卫生院就诊报销40％，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
二级医院就诊报销30％，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
三级医院就诊报销20％，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
中药发票附上处方每贴限额1元。
镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
2、住院报销
镇卫生院报销60％；二级医院报销40％；三级医院报销30％．
3、大病报销
镇风险基金补偿：凡参加合作医疗的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001－10000元补偿65％，10001－18000元补偿70％．
镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1．1万元。
特殊病种的特定门诊治疗包括治疗期间必须的支持疗法和全身、局部反应对症处理，一般辅助治疗不列入报销范围。
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