如果公司在与劳动者签订劳动合同时约定了具体的绩效工资标准，那么公司通过绩效考核来扣除绩效资是合理合法的;如果合同中没有约定，那怎么扣都是违法的。
绩效考核制度的制定如下:
1、如果劳动者的工资结构中包含绩效工资，必须是双方约定一致的，公司是不能单方面从原有的固定工资中拆分出一部分作为绩效工资;
2、绩效考核的具体考核内容必须合理合法的，这包括考核的指标、标准、结果及相对应的绩效工资浮动机制等内容；
3、绩效考核制度必须要经过民主制定程序及公示，并厦行了告知员工的义务。
绩效考核制度的原则如下：
1、公平原则
公平是确立和推行人员考绩制度的前提。不公平，就不可能发挥考绩应有的作用。
2、严格原则
考绩不严格，就会流于形式，形同虚设。考绩不严，不仅不能全面地反映工作人员的真实情况，而且还会产生消极的后果。
3、单头考评的原则
对各级职工的考评，都必须由被考评者的“直接上级”进行。直接上级相对来说最了解被考评者的实际工作表现(成绩、能力、适应性)，也最有可能反映真实情况。间接上级(即上级的上级)对直接上级作出的考评评语，不应当擅自修改。
4、结果公开原则
考绩的结论应对本人公开，这是保证考绩民主的重要手段。这样做，一方面，可以使被考核者了解自己的优点和缺点、长处和短处，从而使考核成绩好的人再接再厉，继续保持先进；也可以使考核成绩不好的人心悦诚服，奋起上进。
5、结合奖惩原则
依据考绩的结果，应根据工作成绩的大小、好坏，有赏有罚，有升有降，而且这种赏罚、升降不仅与精神激励相联系。而且还必须通过工资、奖金等方式同物质利益相联系，这样，才能达到考绩的真正目的。
法律规定：《工资支付暂行规定》
第十五条
用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
(一)用人单位代扣代缴的个人所得税；
(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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