这个问题分两方面来讲。
首先，这种情况本不应出现。因为，按照现行增值税发票管理规定，需要同时具有下列情形的，才符合规定的增值税专票作废条件：
1、收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；
2、销售方未抄税(所称抄税，是报税前用ic卡或者ic卡和软盘抄取开票数据电文)并且未记账；
3、购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。
对于你公司已经认证通过的发票，开具方一般是作废不了的。但如果真的发生了这种销售方违规作废发票的问题，你作为购买方(发票接受方)就只能对相应的进项税额作转出处理。当然，你公司应与对方单位联系，查明原因，再作出相应的善后处置。
购方已认证的发票应按规定保管不应退还销方，购方应在开票系统填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》作进项转出，销方凭带有“红字发票信息表编号”的《信息表》开具红字发票，然后重新开具蓝字发票给购方。对于销方违规作废的发票，税务机关通过“抵扣凭证核查系统”进行监控和调查。
收货方对于作废的情况及后续抄报税及申报的处理不同，购货方也有所不同：
1、如销货方开出发票后，手工在增值税专用发票记账联票面上写了“作废”字样，而防伪税控开票系统中没有作废的操作，且销货方按正常票进行抄税和申报的，购货方取得的发票抵扣联可正常认证抵扣；
2、如销货方开出发票后，在防伪税控开票系统中作“作废”操作，但已通过人工补录后抄报税和通过国税机关门前受理申报并经异常处理的，购货方取得的发票抵扣联可正常认证抵扣；
3、如销货方开出发票后，在防伪税控开票系统中作“作废”操作，且在抄报税和申报时按“作废”票处理的，购货方取得的发票抵扣联已认证的，不得抵扣进项税，也不得退回开票方；
4、如购货方已抵扣进项的，须转出相应进项。由于具体操作涉及销货和购货双方，具体办理时购货方未必能准确了解开票方及开票方主管国税机关的相关操作，故建议出现此类问题时，应将具体情况向主管国税机关反映，由主管国税机关协助核实开票方相关情况后再予处理。
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