公司合并、股东不同意合并的情况下，股份公司应回购股东的股权，并由全体股东决定。对于有限责任公司，如果连续五年不分配利润、合并、分立、转让主要财产或达到解散事由，股东可以要求公司以合理价格收购其股权。如果在60天内不能达成协议，股东可以在90天内向法院提起诉讼。
法律分析
股份公司在公司在减少公司注册资本、将股份发放给员工、与其他股份公司合并、股东不同意公司合并的，这类公司应回购股东的股权，召开股东大会予以决定。全体股东同意的情况下，由公司出资回购异议股东的股权。对于有限责任公司，有下列情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权：(一)公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的;(二)公司合并、分立、转让主要财产的;(三)公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。自股东会会议决议通过之日起六十日内，股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以自股东会会议决议通过之日起九十日内向人民法院提起诉讼。
拓展延伸
小股东权益保护：探索公司股权回购的机会与挑战
小股东权益保护是一个重要的议题，而公司股权回购为小股东提供了一种重要的保护机制。通过股权回购，公司可以回购部分或全部股份，从而增加小股东的持股比例，提升其话语权和利益保障。这为小股东提供了实现权益回收和价值增值的机会。然而，股权回购也面临着一些挑战。首先，公司需要充分评估回购对公司财务状况和股东结构的影响。其次，回购计划需要符合相关法律法规，并获得股东大会的批准。此外，回购过程需要透明公正，以保证所有股东的权益平等。因此，公司在探索股权回购机会时，应全面考虑机遇与挑战，并制定合理的策略和方案，以最大程度地保护小股东的权益。
结语
通过股权回购，公司可以保护小股东的权益。回购股份可以增加小股东的持股比例，提高其话语权和利益保障。股权回购为小股东提供了实现权益回收和价值增值的机会。然而，回购计划需要充分评估对公司财务和股东结构的影响，符合法律法规并获得股东大会批准。回购过程应透明公正，确保所有股东的权益平等。因此，公司在制定回购策略时应全面考虑机遇与挑战，以最大程度地保护小股东的权益。
法律依据
《中华人民共和国公司法》第七十四条有下列情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权：
（一）公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；
（二）公司合并、分立、转让主要财产的；
（三）公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。
自股东会会议决议通过之日起六十日内，股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以自股东会会议决议通过之日起九十日内向人民法院提起诉讼。
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