农村自建房屋如果不是被执行人生活必需的房屋,人民法院是可以强制执行房屋的。法院一般会对房屋进行拍卖。根据规定,人民法院对被执行人下列的财产不得查封、扣押、冻结:被执行人及其所扶养家属生活所必需的衣服、家具、炊具、餐具及其他家庭生活必需的物品;所必需的生活费用。