法律分析：1、目的不同。申诉的目的主要是为了维护自己的合法人事权益，而控告除了有维护公务员合法权益的目的外，还有要求上级机关或者其他专门机关依法惩办侵害其合法权益的机关及其领导人员的目的。
2、客体不同。申诉的客体是人事处理机关的决定，控告的客体是侵害公务员合法权益的机关及其领导人员。
3、范围不同。申诉的范围法律明文规定，主要涉及人事关系，而对机关及其领导人员的控告内容没有限制，对机关及其领导人员的任何违法违纪行为，只要公务员认为该行为侵犯了自己的合法权益，都可以进行控告。
4、程序不同。申诉有法定的较为完善的复核、申诉、再申诉程序，有层级限制，公务员只能按照层级逐级申诉，而控告不受层级限制。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百八十一条 人民法院对提起公诉的案件进行审查后，对于起诉书中有明确的指控犯罪事实的，应当决定开庭审判。
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