法律分析：经过双方协商后，签订的不含税费合同是合法的。在合同中注明不含税是一种常见的商业行为，只要双方同意并依法纳税，这种行为就是合法的。并且任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出起征、停止税收、减税、免税、退税、纳税的决定和其他与税收法律、行政法规相抵触的决定。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》 第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
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