1、未发生增值税、营业税应税行为情况下的合同违约金可扣除；
增值税暂行条例规定，在中华人民共和国境内销售货物或提供加工、修理修配劳务及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应依照条例规定缴纳增值税。
营业税暂行条例规定，只有在中华人民共和国境内提供本条例规定的劳务、转让无形资产或者销售不动产的单位和个人，为营业税的纳税人，应依照条例的规定缴纳营业税。
营改增相关法规规定，在中华人民共和国境内(以下称境内)提供交通运输业、邮政业和部分现代服务业服务(以下称应税服务)的单位和个人，为增值税纳税人，纳税人提供应税服务，应当按照本办法缴纳增值税，不再缴纳营业税。
判断合同违约金是否属于流转税的应税行为，主要看违约金是否依附着应税行为而附加收取，对于纳税人在未销售货物或提供加工、修理修配劳务和营改增应税服务的情况下收取的违约金，不属增值税征税范围，不征收增值税;对于纳税人在未提供营业税应税劳务的情况下收取的违约金，不属营业税征税范围。即因预期违约和根本违约，无论是合同哪一方收取的违约金，均不属于增值税和营业税的应税行为，不征收增值税和营业税。
2、已发生增值税应税行为情况下的合同违约金可扣除
对于增值税、营业税应税行为已经发生，只是合同缔约方未能完全履行合同条款而产生的违约金，应当视一下情况进行涉税处理。
一、土地租赁费增值税税率是多少
一般纳税人租赁费开增值税专用发票：有形动产租赁税率是17%，不动产租赁税率是11%。
根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》和《营业税改征增值税试点实施办法》中第十五条增值税税率：
(一)纳税人发生应税行为，除本条第(二)项、第(三)项、第(四)项规定外，税率为6%。
(二)提供交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，税率为11%。
(三)提供有形动产租赁服务，税率为17%。
(四)境内单位和个人发生的跨境应税行为，税率为零。具体范围由财政部和国家税务总局另行规定。第十六条增值税征收率为3%，财政部和国家税务总局另有规定的除外。
土地租赁费增值税税率为11%，根据国家法律的规定，销售不动产，转让土地使用权，需要缴纳的税款税率为11%。正常情况下，纳税人如果没有适用其他规定的条件，一般需要缴纳的税款税率为6%.
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