以增资的方式，新股东投资进入公司，实际增加了公司的资产，也可以同时增加注册资本，公司的股权结构也同时发生相应变化。
如果是股东转让股权，则交易仅发生在原股东和新股东之间，股权结构也发生变化，但公司资产和注册资本不变。
具体到你们公司情况看就是，如果公司估值100万，新进投资50万，如果采用增资方式，则新股东在公司中的股权比例为1/3，增资完成后公司的净资产会增加50万，注册资本也会发生相应变化，具体要根据公司原注册资本金额确定增加进入注册资本金额和资本公积金额。如果是转股方式则由原股东分别转让部分股权给新股东，共计出让50%股权。
两个方案如何选择?看此次变化是否要增加公司可用资金，如果要增加公司运营资金应当采用增资方式，否则可以采取股权转让方式。同时从纳税上值得注意，如果公司估值100万元已经高于原公司投资，则公司发生增值，此时采用股权转让方式，老股东实际上实现了部分投资盈利退出，应当缴纳个人所得税，增资则不发生个人所得税纳税义务。
一、有关股权转让原值的法律规定
国税总局第2014年67号公告发布的《股权转让所得个人所得税管理办法(试行）》里第三章：
第三章股权原值的确认
第十五条个人转让股权的原值依照以下方法确认：
(一)以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值;
(二)以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值;
(三)通过无偿让渡方式取得股权，具备本办法第十三条第二项所列情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值;
(四)被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值;
(五)除以上情形外，由主管税务机关按照避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权原值。
第十六条股权转让人已被主管税务机关核定股权转让收入并依法征收个人所得税的，该股权受让人的股权原值以取得股权时发生的合理税费与股权转让人被主管税务机关核定的股权转让收入之和确认。
第十七条个人转让股权未提供完整、准确的股权原值凭证，不能正确计算股权原值的，由主管税务机关核定其股权原值。
第十八条对个人多次取得同一被投资企业股权的，转让部分股权时，采用“加权平均法”确定其股权原值。
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