劳动合同主体变更赔偿是合理的。劳动合同的变更是指劳动合同依法订立后，在合同尚未履行或者尚未履行完毕之前，经用人单位和劳动者双方当事人协商同意，对劳动合同内容作部分修改、补充或者删减的法律行为。劳动合同主体的变更即用人单位或劳动者的更换。实践中，引起劳动合同主体变更的情况一般有两类，第一类是企业合并、分立的情况，第二类是用人单位将员工转至关联企业或其他公司的情况。根据劳动合同主体变更的不同情形，劳动合同权利义务承继的操作也有所差异。
依照我国的《劳动合同法》中相关内容，
第三十五条【劳动合同的变更】用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。
变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
一、劳动合同主体变更方式
第一种方式是员工辞职然后与第三方企业签定新的劳动合同。第三方企业在发给员工的要约中必须明确规定，只有员工向原企业提出辞职，要约才能生效。这样做的好处在于原企业无需为此支付经济补偿金，但是第三方企业对于员工将会给出较高的待遇以获取员工的同意。
第二种方式是企业与员工协商终止劳动合同。为此企业可以签订协议，约定由第三方企业负担向员工支付的经济补偿金。
第三种方式是三方协商转让，约定由第三方企业承继原企业在劳动合同项下的权利义务，但第三方企业可以与员工进行协商变更。这种方法应当约定员工的工龄继续计算，并且在原合同项下的权利应当得到保障。如此，企业将无需立即支付经济补偿金，而员工的合法权益也并不受到任何损害。
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