免税普通发票是可以抵扣进项税额的，但只有购进农产品取得的免税普通发票才可以。
一、发票税率栏免税字样可以抵扣增值税吗？
一般纳税人超市，由于经营销售的需要购买了鸡蛋，取得的发票税率栏是免税字样，超市可以按照9%抵扣增值税吗?
不一定!需要分情况来看：
1、若是从自产自销的合作社购买的鸡蛋，取得的发票税率栏是免税字样，则超市可以抵扣9%的增值税。
2、若是从批发零售的单位购买的鸡蛋，取得的发票税率栏是免税字样，则超市不可以抵扣9%的增值税。
二、可以抵扣进项税额的凭证
流通环节开具免税农产品销售发票，目前可以开具农产品免税发票的有四种情形:
1、农业生产者销售的自产农产品；
2、农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品；
3、采取"公司+农户"经营模式销售畜禽；
4、制种企业在定点生产经营模式下生产销售种子；
这四种都属于农业生产者销售自产农产品，取得这四种免税发票，可以按农产品销售发票抵扣进项税额。
除此之外，还有两种情况是不能抵扣进项税额：
1、对从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜；
2、从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品。
这两种情形属于流通环节对蔬菜、鲜活肉蛋的免税发票，不能抵扣进项税额。除此之外，销售非自产农产品开具的普通发票小规模纳税人和一般纳税人销售非自产的农产品开具的普通发票，不能作为进项税额抵扣凭证。
三、一般纳税人从农民手里购买农产品增值税上有什么优惠？
增值税一般纳税人购进农产品，取得(开具)农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
法律依据
《财政部、国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》
一、纳税人销售或者进口下列货物，税率为11%：
农产品（含粮食）、自来水、暖气、石油液化气、天然气、食用植物油、冷气、热水、煤气、居民用煤炭制品、食用盐、农机、饲料、农药、农膜、化肥、沼气、二甲醚、图书、报纸、杂志、音像制品、电子出版物。
上述货物的具体范围见本通知附件1。
二、纳税人购进农产品，按下列规定抵扣进项税额：
（一）除本条第（二）项规定外，纳税人购进农产品，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额；从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额；取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。
（二）营业税改征增值税试点期间，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品维持原扣除力度不变。
（三）继续推进农产品增值税进项税额核定扣除试点，纳税人购进农产品进项税额已实行核定扣除的，仍按照《财政部 国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税[2012]38号）、《财政部 国家税务总局关于扩大农产品增值税进项税额核定扣除试点行业范围的通知》（财税[2013]57号）执行。其中，《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（财税[2012]38号印发）第四条第（二）项规定的扣除率调整为11%；第（三）项规定的扣除率调整为按本条第（一）项、第（二）项规定执行。
（四）纳税人从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
（五）纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工17%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工17%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额，或以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。
（六）《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第二款第（三）项和本通知所称销售发票，是指农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票。