基本工资被扣不合法。
扣工资的标准如下：
1、因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定，从劳动者本人的工资中扣除相应的经济赔偿。但是每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的百分之二十；
2、如果扣除后的剩余工资，部分低于当地月最低工资标准的，那么用人单位需要按照最低的工资标准进行支付。
扣工资的处理方法如下：
1、与公司协商。公司扣工资的，应当说明扣工资的理由，甚至所依据的相关规章制度，且相关规章制度是已经过事前公开公示，否则，公司属于无正当理由克扣工资，属于无理的违法行为，职工可以要求公司全额支付工资及相应利息损失；
2、如协商不成的，可以到当地的劳动监察大队投诉，要求协助处理解决；
3、如仍未解决的，可以至当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁处理解决；
4、如劳动仲裁生效后，公司拒绝执行并拒付的，可以申请法院强制执行。
扣工资的违法行为如下：
1、请假扣3倍工资违法；
2、孕期女职工产检扣工资违法；
3、用人单位为捐赠强扣工资违法；
4、员工辞职单位扣工资违法。
综上所述，很多公司都会利用自己的地位和权利制定一系列的违规扣工资的制度。实际上，大多数公司规定的扣工资、罚款等制度都是违法的。
【法律依据】：
《工资支付暂行规定》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
