目前我国海关保护的知识产权是与进出口货物有关并受中华人民共和国法律、行政法规保护的商标专用权、著作权和与著作权有关的权利、专利权、奥林匹克标志专有权和世界博览会标志专有权。
知识产权海关保护可以制止正在发生的侵权。海关扣留进出口侵犯知识产权货物，造成侵权商品国际交易的中断，制止侵权商品进入流通渠道，避免或者减轻了知识产权权利人遭受的侵权损害。
知识产权海关保护可以防止将来发生的侵权。海关没收侵权货物、对进出口侵权货物的收发货人给予行政处罚以及将犯罪嫌疑人移送司法机关追究刑事责任等措施，加大侵权行为的违法成本，对故意生产、销售和进出口侵权货物的违法分子必然产生强大的惩戒和威慑力。同时也使一些因为缺乏法律知识和知识产权意识的企业和个人能够引以为戒，在今后的生产经营活动中自觉地尊重他人的知识产权。
一、申请书应当包括的主要内容
（一）知识产权权利人的名称或者姓名、注册地或者国籍等；
（二）知识产权的名称、内容及其相关信息；
（三）侵权嫌疑货物收货人和发货人的名称；
（四）侵权嫌疑货物名称、规格等；
（五）侵权嫌疑货物可能进出境的口岸、时间、运输工具等。
二、知识产权海关保护模式
依申请保护，是指知识产权权利人发现侵权嫌疑货物即将进出口时，根据《知识产权海关保护条例》第十二、十三和十四条的规定向海关提出采取保护措施的申请，由海关对侵权嫌疑货物实施扣留的措施。由于海关对依申请扣留的侵权嫌疑货物不进行调查，知识产权权利人需要就有关侵权纠纷向人民法院起诉，所以依申请保护也被称作海关对知识产权的被动保护模式。
依职权保护，是指海关在监管过程中发现进出口货物有侵犯在海关总署备案的知识产权的嫌疑时，根据《知识产权海关保护条例》第十六条的规定，主动中止货物的通关程序并通知有关知识产权权利人，并根据知识产权权利人的申请对侵权嫌疑货物实施扣留的措施（依职权一词源于《与贸易有关的知识产权协议》中的ex－officio）。由于海关依职权扣留侵权嫌疑货物属于主动采取制止侵权货物进出口，而且海关还有权对货物的侵权状况进行调查和对有关当事人进行处罚，所以依职权保护也被称作海关对知识产权的主动保护模式。
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