公务员病假在两个月以内的不会扣工资。目前没有新规定，按《国家机关工作人员病假期间生活待遇的规定》履行，病假超过两个月的，从第三个月起，工作年限不满十年的，发给本人工资的百分之九十；工作年限满十年的，工资照发。
《国家机关工作人员病假期间生活待遇的规定》第一条 工作人员病假在两个月以内的，发给原工资。 《国家机关工作人员病假期间生活待遇的规定》第二条 工作人员病假超过两个月的，从第三个月起按照下列标准发给病假期间工资： （一）工作年限不满十年的，发给本人工资的百分之九十； （二）工作年限满十年的，工资照发。
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