南京市的公积金缴纳标准如下：
1、缴纳比例：单位和职工个人缴存比例均为12%；
2、缴纳基数：职工的缴存基数为其本人上年度月平均工资，单位的缴存基数为其本单位职工上年度月平均工资总额；
3、缴纳上限：职工个人缴存金额上限为本人上年度月平均工资的3倍，单位缴存金额上限为其本单位职工上年度月平均工资总额的20倍。
南京市的公积金缴纳流程一般分为以下几个步骤：
1、登记缴存单位：企业需要到南京市住房公积金管理中心进行登记缴存，提供相关资料并签订公积金管理协议；
2、开户：登记缴存单位成功后，单位需要到南京市住房公积金管理中心办理公积金开户手续，包括填写开户申请、提供营业执照等相关资料、缴纳首笔公积金等；
3、缴存：单位需要按照规定的时间和比例缴纳公积金，可以通过网银、柜台等方式进行缴存；
4、查询：单位可以通过南京市住房公积金管理中心的网站或者APP查询公积金缴存记录、余额等相关信息；
5、办理提取：职工需要在符合提取条件的情况下，向南京市住房公积金管理中心提出提取公积金申请，经审核后，可以办理提取手续。
综上所述，南京市的公积金缴纳标准是按照职工月工资基数的比例来计算缴纳金额，缴纳比例为12%。具体来说，南京市的公积金缴存额度是职工月工资基数的12%，其中单位缴存额度为职工月工资基数的8%（最高不超过3878元），职工个人缴存额度为职工月工资基数的4%（最高不超过1939元）。
【法律依据】：
《住房公积金管理条例》第十六条
职工住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以职工住房公积金缴存比例。
单位为职工缴存的住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以单位住房公积金缴存比例。
第十七条
新参加工作的职工从参加工作的第二个月开始缴存住房公积金，月缴存额为职工本人当月工资乘以职工住房公积金缴存比例。
单位新调入的职工从调入单位发放工资之日起缴存住房公积金，月缴存额为职工本人当月工资乘以职工住房公积金缴存比例。
