驾驶证扣分超过12分的处理方法具体如下：
1、C1驾驶证被扣超过12分，需要在15天内去办理相关手续，同时需要参加9天的法律、法规知识学习和考试，通过考试后才会把扣分清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，需要回家自己学习后再继续参加考试，直到考试通过为止；如果不参加学习和考试的驾驶人，驾驶证会被停用；
2、A级和B级被扣分超过12分，需要降驾驶证最高等级的准驾车型驾驶资格，而且在相应的时间内不可以增驾回来，正常情况需要等三年到五年后才可以增驾回来；
3、实习期被扣超过12分，C1驾驶证如果在实习期被扣超过12分，会被注销掉驾驶证，需要重新报名考驾驶证。A、B级的驾驶证如果在实习期被扣12分，会被注销掉实习期的准驾车型驾驶资格，如果被注销的不是最高等级的驾驶证，还需要降最高等级的处罚。
法律依据：《机动车驾驶证申领与使用规定》第六十二条
机动车驾驶人在机动车驾驶证的六年有效期内，每个记分周期均未记满12分的，换发十年有效期的机动车驾驶证；在机动车驾驶证的十年有效期内，每个记分周期均未记满12分的，换发长期有效的机动车驾驶证。
第六十三条
机动车驾驶人应当于机动车驾驶证有效期满前九十日内，向机动车驾驶证核发地或者核发地以外的车辆管理所申请换证。申请时应当确认申请信息，并提交以下证明、凭证：
（一）机动车驾驶人的身份证明；
（二）医疗机构出具的有关身体条件的证明。
