劳动者如果是旷工导致自动离职的，那么单位可以对其给予相应的行政处罚，然后解除与其的劳动关系。要是因自动离职给单位造成了一定的经济损失的话，那么单位还可以要求劳动者进行赔偿。要是自动离职导致违反劳动合同的约定，劳动者还需要支付单位相应的违约金。
1、为保证企业的正常运转，企业通常都会制订一定的业务要求和相应的规章制度，遵守各项规章制度是每名员工应做到的基本业务规范。其中就包括工作制度按照上下班，不迟到早退、不擅自离岗，严格履行请假制度，经批准后方可离开岗位，不得无故不到岗、请假未准而擅离职守等。对此企业有权依据规章制度对员工给予处分。对于员工自动离职，企业可按旷工处理。需要注意的是，企业在作出处理决定后，一事实上要书面送达被处理人。倘若无法书面通知，企业需审慎处理此事，不可草率处理。因为企业对人员进行处理，程序上必须要符合法律、法规的规定。否则该处理决定面临被确认无效的风险。
2、劳动者违反规定或劳动合同的约定解除劳动合同，对用人单位造成损失的，劳动者应赔偿用人单位的下列损失：
（1）用人单位招收录用其所支付的费用；
（2）用人单位为其支付的培训费，双方另约定从约定；
（3）对生产、经营和工作造成的直接经济损失；
（4）劳动合同约定的其他赔偿费用。由此可以看到，企业行使损失求偿权时，求偿对象是指一般员工，如果企业有证据证明产生了前述损失是自动离职员工的违约行为造成的，企业对其提出的损失赔偿要求就可以得到法律支持。
3、对于违法保密义务、以及签订专项培训协议约定服务期规定的离职人员，企业享受违约金求偿权。《劳动合同法》第二十二条第二款“劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分的分摊的培训费用”；第二十三条第二款“保密义务的劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金”。
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