1、可根据公司的相关章程或经公司通过登报告知等方式通知离职员工限期到岗而没有到岗的就属于自动离职。2、自动离职如果不涉及有公司提供费用的岗前培训、保密岗位协议及津贴的没有法律依据：予以处罚，该员工已经产生的工作日如果员工来领时还得支付。如果涉及有公司提供费用的岗前培训、保密岗位协议及津贴的工资可以扣除相应的培训费和按照劳动合同中有关保密协议的条款提起劳动仲裁或民事诉讼要求离职职工赔偿。3、员工自动离职如果不涉及职务发明或保密协议的（也就是将前述带入新聘任公司），该公司没有连带责任，劳动者有自由择业的权利，只是程序上存在错误（没有提出辞职）4、劳动权责分明（尤其内勤岗工作杂，但一定要明确），加强人文关怀（例如有员工过生日给送个小礼物，别小看礼物小，作用可大。有员工或其家属生病组织相关人员前去慰问一下等一些花小钱而促进员工为公司积极工作的措施），做好公司规定的福利落实，管理严慈相继不要过分的批评责难员工，及时发放工资，对工作积极认真且贡献突出的予以表彰奖励等。
综上所述，关于员工自动离职怎么处理的问题，建议大家参考上述内容，拿起法律武器维护自身权益，以防止公司机密泄露造成损失。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》第九十一条用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
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