祖上留下的宅基地是可以补偿的。
祖上留下的宅基地是可以补偿的。宅基地区位补偿价一般由区县人民政府参照一定时间、一定区域内普通商品房住宅均价、城市规划等综合实际情况来确定;拆迁中认定的宅基地面积应经合法批准、切不超控制标准。宅基地是农村村民用于建造住宅及其附属设施的集体建设用地，包括住房、附属用房和庭院等用地，在地类管理上属于（集体）建设用地。
宅基地使用权，是指农村村民依法对集体所有的土地享有的建造并保有住宅及其附属设施的用益物权。宅基地使用权具有如下特性，宅基地使用权的主体具有特定性，原则上限于农村居民。
综上， 祖上留下的宅基地可以补偿。
【法律依据】：
《中华人民共和国乡村振兴促进法》第五十五条，国家推动形成平等竞争、规范有序、城乡统一的人力资源市场，健全城乡均等的公共就业创业服务制度。县级以上地方人民政府应当采取措施促进在城镇稳定就业和生活的农民自愿有序进城落户，不得以退出土地承包经营权、宅基地使用权、集体收益分配权等作为农民进城落户的条件；推进取得居住证的农民及其随迁家属享受城镇基本公共服务。国家鼓励社会资本到乡村发展与农民利益联结型项目，鼓励城市居民到乡村旅游、休闲度假、养生养老等，但不得破坏乡村生态环境，不得损害农村集体经济组织及其成员的合法权益。
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