区别有：历史不同、级别和大小不同、地址不同、系列不同。
1、历史不同：南京博物院是中国最早的博物馆之一，是一座大型综合性省级历史艺术博物馆，其前身是1933年蔡元培发起成立的国立中央博物馆(即国民政府时期的中央博物馆)筹备处。南京博物馆，它的正式名称应该是“南京博物馆”。其前身是解放初期成立的南京市文物保护委员会，1978年更名为“南京博物院”。
2、级别和大小不同：南京博物院是国家级博物馆，是仅次于北京故宫博物院的全国第二大博物馆，全国重点文物保护单位。南京博物馆是南京综合性历史艺术博物馆，江南最大的古建筑群，江苏省重点文物保护单位。
3、地址不同：南京博物院位于南京城东中山门中山路321号，占地约13万平方米。南京博物馆位于朝天宫4号。
4、系列不同：南京博物院各类藏品42万余件(套)，居全国前三，从旧石器时代到现在；既有全国性的，也有地域性的；不仅有宫廷传世品，还有考古发掘品，还有一部分是社会收藏和捐赠的。它们是历代的瑰宝，引起了国内外学术界的关注。青铜、玉器、陶瓷、金银器皿、竹木牛角、漆器、丝绸刺绣、字画、印章、铭文、雕像等。都有，每个品种都有自己的历史系列。南京博物馆的藏品相对较少，藏品更多与南京的历史有关。
5、南京博物院占地13万余平方米，为“一院六馆”格局，即历史馆、特展馆、数字馆、艺术馆、非遗馆、民国馆。另全院设“六所”的研究部门，即考古研究所、文物保护研究所、古代建筑研究所、陈列艺术研究所、非遗保护研究所、古代艺术研究所，并设有中国博物馆中唯一的民族民俗学研究机构，其中文物保护研究所被称为“文物三甲医院”，是中国纸质文物保护国家文物局重点科研基地。
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