水利建设基金的计税依据是不含税收入按月征收。水利建设基金是专项用于水利建设的政府性基金，水利建设基金的计税依据是不含税收入按月征收。凡有销售收入和营业收入的企事业单位和个体经营者，按其上年销售收入或营业收入的0.6‰征收地方水利建设基金。由于这项专项收入有减免政策，所以各地市的政策以当地要求为准。
水利建设基金是专项用于水利建设的政府性基金，其计税依据是从征收的城市维护建设税中划出不少于15%的资金。根据《水利建设基金筹集和使用管理暂行办法》第四条地方水利建设基金的来源:
(一)从地方收取的政府性基金(收费、附加)中提取3%.应提取水利建设基金的地方政府性基金(收费、附加)项目包括:养路费、公路建设基金、车辆通行费、公路运输管理费、地方交通及公安部门的驾驶员培训费、地方分成的电力建设基金、市场管理费、个体工商业管理费、征地管理费、市政设施配套费；
(二)有重点防洪任务的城市要从征收的城市维护建设税中划出不少于15%的资金，用于城市防洪建设.具体比例由省、自治区、直辖市人民政府确定。
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