处理逾期办证纠纷的方式是：当事人可以向开发商咨询原因进行协商沟通，合同中对逾期办证违约金作出约定的按照约定处理，未作约定或约定不明确的可以按照已经支付的购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算违约金，经催告合理期限内仍未办理的可以解除房屋买卖合同。
一、商品房买卖如何确定违约金
1、有约定违约金的情况下
在签订商品房买卖合同时，绝大多数出卖人和买受人都会在合同中明确约定当事人一方逾期付款或者预期交付使用房屋时，应当承担什么样的违约责任，也就是说，会明确约定逾期履行支付违约金的数额或者赔偿损失的计算方法。通常以该标准为赔偿金。
2、没约定违约金的情况下
商品房买卖合同没有约定违约金数额或者损失赔偿额计算方法，违约金数额或者损失赔偿额可以参照以下标准确定：逾期付款的，按照未付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。逾期交付使用房屋的，按照逾期交付使用房屋期间有关主管部门公布或者有资格的房租金标准确定。
二、逾期办理房屋买卖合同可以解除么
开发商逾期办证构成根本违约的可以申请解除房屋买卖合同。当事人可以向开发商咨询原因并进行协商沟通，买卖合同中对逾期办证违约金作出明确约定的可以按照约定认定处理，未作约定或约定不明确的可以按照已经支付的购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算违约金。
三、购房违约金的数额该怎么确定
房屋买卖合同中对违约金有约定，则按约定的违约金比例支付；约定的违约金过高或过低可以请求变更，约定的违约金超过实际损失30%的可以认为约定过高，可要求降低；房屋买卖合同中对违约金没有约定，应按对方违约对你造成的实际损失来计算违约金。逾期交付使用房屋的，按照逾期交付使用房屋期间有关主管部门公布或者有资格的房地产评估机构评定的同地段同类房屋租金标准确定。逾期付款的，按照未付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。
【本文关联的相关法律依据】
《商品房销售管理办法》第三十四条
房地产开发企业应当在商品房交付使用前按项目委托具有房产测绘资格的单位实施测绘，测绘成果报房地产行政主管部门审核后用于房屋权属登记。房地产开发企业应当在商品房交付使用之日起60日内，将需要由其提供的办理房屋权属登记的资料报送房屋所在地房地产行政主管部门。房地产开发企业应当协助商品房买受人办理土地使用权变更和房屋所有权登记手续。
《民法典》第五百七十七条
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
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