1、职能分工不同：烟草公司(烟草专卖局)：烟草公司的商业流通这块与市场管理的烟草专卖局合并组成新的烟草专志专卖局(公司)，主要负责烟草专卖。中烟工业公司：烟厂合并组成中烟工业公司，主要从事卷烟生产，也就是负责烟草生产。
2、企业性质不同：烟草专卖局是商业企业而卷烟厂是工业企业。
3、面向群体不同：烟草局是把卷烟批发给广大个体零售户，然后在买到消费者手中，而卷烟厂只能把自己生产的烟以调拨价卖给烟草局，两者之间并非竞争对手，而是一种利益调整的关系。
4、地域层级不同：烟草局是小到每个县都有，而烟厂不一定每个地方都有。烟厂是二级法人。烟草局有四个级别：国家烟草局、省烟草局、市烟草局、县烟草局。一级管一级：通常是国家局管烟厂和省烟草局、省管市、市管县。真正有资格从烟厂进烟的通常是市烟草局以上，县烟草局没有资格到烟厂直接进烟卖。
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