概念不同，生产工艺不同，检验标准不同等。
概念不同：复合肥是指单独由化学反应制成、含有两种或两种以上营养元素的化肥。掺混肥也叫“BB肥”、干混肥料，是以两种以上粒径相近的单质肥料、复合肥料或复混肥料为原料，按一定比例通过简单的机械掺混而成，属于各种原料的混合物。
生产工艺不同：复合肥由物理混合法生产出来的肥料称为复混肥，含有氮磷钾元素的矿物质经化学反应后生产出来的肥料叫复合肥。掺混肥以单元肥料或复合肥料为原料，通过简单的机械混合制成，混合期间不会出现明显的化学反应。
检验标准不同：复合肥的检验标准为GB/T15063—2009。掺混肥的检验标准为GB21633—2008。
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